Il 6 settembre 1860, alle 17.30 il re la regina con una modesta scorta si imbarcano sul Messaggero, comandato da Vincenzo Criscuolo. Lasciava a Napoli tutto, anche i suoi averi personali che saranno incamerati dal vorace Savoia.
Durante la traversata, non vi furono a bordo refezioni, né conversazioni liete. Nessuno osava rompere quel triste silenzio. Verso le dieci la regina si ritirò in un camerino di coperta, e accennò ad assopirsi, vestita com’era.
Il comandante non ebbe il coraggio di invitarla a ritirarsi in luogo più adatto, né andò molto ch'ella fu vinta dal sonno. Il re passeggiava con la testa china, solo: e il Criscuolo, per non disturbarlo, salì sul ponte di comando a fumare. Il mare era tranquillo. Verso mezzanotte, non sentendo più camminare il re, Criscuolo chiese al cameriere Mirante: «Agostino, il re dorme?» «Sì» egli rispose; ma, dopo pochi minuti, ecco che riapparve, ed accostatesi al Criscuolo, gli disse: «Vincenzino io credo che l’armata navale mi abbia interamente tradito, e quindi nessuna delle navi da noi chiamate, ci seguirà a Gaeta».
Criscuolo, per confortarlo, gli disse di non condividere tale opinione, mentre sapeva bene che neppure tutto l'equipaggio del Messaggero era interamente fedele, tanto che egli aveva dovuto ricorrere a qualche minaccia, perché il fuochista e gli atri marinai facessero il loro dovere. Il re aggiunse: «I napoletani non hanno voluto giudicarmi a ragion veduta; io però ho la coscienza di aver fatto sempre il mio dovere, ma però ad essi rimarranno solo gli occhi per piangere».
E ad alcune parole confortanti ripostegli da Criscuolo, soggiunse: «Io non so come il rimorso non uccida tutti quelli che mi hanno tradito; solo Dio, caro Vincenzino, potrà compensare la tua fedeltà, io però, dal canto mio, mai ti dimenticherò». Poi gli disse «Dov'è la signora?» e saputolo, si meravigliò che la moglie dormisse in quel camerino, dove a quell'ora doveva sentir freddo. «Andiamo» riprese «e persuadiamola a ritirarsi» Entrarono infatti nel camerino ma visto che la moglie dormiva, Francesco II non volle svegliarla; e solo per difenderla dalla brezza notturna, si tolse un piccolo mantello, che aveva sulle spalle, e glielo stese sopra. Erano le due dopo mezzanotte.
Il corpo diplomatico seguì il Re a Gaeta, mentre il rappresentante inglese Elliot, invece, attese Garibaldi che arrivò a Napoli in treno il 7 settembre 1860, accompagnato da Liborio Romano, ex ministro di Francesco II.Formò un suo governo dittatoriale e, come primo atto, cedette le navi da guerra della grande marina borbonica al Piemonte. Gli ufficiali napoletani aderirono (erano nella maggioranza già passati al nemico, per l'azione svolta dallo stesso Comandante della Marina, Luigi di Borbone, conte dell'Aquila, fratello di Ferdinando II, che aveva ceduto alle lusinghe di Cavour e della massoneria). Ma i marinai ed i piloti restarono fedeli al Re: alcuni riuscirono a raggiungerlo a Gaeta con la vecchia fregata a vela Partenope, dopo essere fuggiti dalle navi i cui comandanti si erano rifiutati di seguire Francesco II.
