Maria Sofia (chiamata affettuosamente "Spatz", cioè passerotto), nacque nel 1841 a Possenhofen (Baviera) da Massimo, duca in Baviera, e da Ludovica di Wittelsbach. Era la quinta di nove figli. Tra le sue sorelle la più nota sarà Elisabetta ("Sissi"), Sissi che si sposò nel 1854 con il ventiquattrenne Francesco Giuseppe, Imperatore d'Austria. Maria Sofia trascorse la giovinezza in Baviera; dal padre aveva ereditato l'amore per la natura, per la caccia, per i cavalli, i cani e i pappagalli. Era di carattere aperto, pronta a familiarizzare con le persone più umili, indipendente e anticonformista amava l'equitazione, il tabacco, la fotografia.
Nel 1858, a 17 anni, fu promessa a Francesco di Borbone, duca di Calabria ed erede al trono delle Due Sicilie. Il matrimonio doveva rafforzare i legami con l¹impero austriaco. Maria Sofia non conosceva Francesco di persona, aveva avuto solo l'opportunità di vederlo raffigurato in una sua miniatura nella quale appariva d'aspetto gradevole.
Dopo la cerimonia di fidanzamento, avvenuta il 22 dicembre 1858, venne celebrato il matrimonio per procura la sera dell'8 gennaio 1859. Dopo qualche giorno, accompagnata dalla sorella imperatrice, si recò a Trieste, dove l'attendevano i rappresentanti della Casa Reale delle Due Sicilie con le fregate Tancredi e Fulminante, su cui il 1° febbraio s'imbarcò per Bari. Nella città, in cui erano stati preparati grandiosi festeggiamenti, l'attendevano Ferdinando II, ammalato e sofferente, e il suo sposo. La partenza per Napoli avvenne per mare il 7 marzo, mentre le condizioni del Sovrano si aggravavano sempre più. Lei era molto bella, il corpo alto e snello, gli occhi ridenti, i lunghi capelli neri, l'espressione dolce. Il suo anticonformismo contrastava con il clima tradizionalista della corte borbonica.
Ma la sua bellezza e la sua personalità conquistarono il popolo meridionale e Francesco, soggiogato dal suo fascino, le lasciava ampia libertà. Maria Sofia sconvolgeva le abitudini della corte: fumava, andava a cavallo, tirava di scherma, si faceva fotografare, si bagnava nelle acque del porto militare, portava i suoi cani in sala da pranzo. Era al centro delle cronache mondane, mentre in Italia il clima politico si faceva più difficile: il 27 aprile 1859 il granduca di toscana Leopoldo lI, zio di Francesco II, era stato costretto ad allontanarsi da Firenze a causa dei moti fomentati dai Savoia.
Due giorni dopo iniziò anche la guerra dei franco-piemontesi contro l'Austria. Alla morte di Ferdinando II, di soli 49 anni, avvenuta il 22 maggio 1859, Maria Sofia si ritrovò regina a 18 anni, accanto ad un re ventitreenne, che le cronache ricordano come impreparato a gestire la profonda crisi del Regno e prevaricato dalla matrigna, la regina Maria Teresa. Ma il fascino e la decisione di Maria Sofia esercitarono su di lui un forte ascendente sia nella gestione degli affari familiari che politici. Ella fu punto di riferimento del "partito costituzionale" e caldeggiò la nomina a capo del governo di Carlo Filangieri. Perorò l'abolizione della schedatura dei cittadini sospetti di liberalismo. Il 7 luglio dimostrò il suo coraggio trattando con alcune Guardie Svizzere in rivolta, chiamate dai napoletani "Titò".
L'aumento di popolarità di Maria Sofia, che aveva progettato, in accordo con il Filangieri, di instaurare un regime costituzionale sul modello bavarese, sembra che abbia spinto la regina madre Maria Teresa a ordire un complotto per detronizzare Francesco a favore di Luigi, conte di Trani. Nonostante il fallimento del complotto, la compattezza della classe dirigente del Regno, quella ancora fedele, si dimostrò incrinata. Anche il Filangieri, di età avanzata, rassegnò le dimissioni. A Maria Sofia non restò altro che far rifiorire la vita di Corte, fino a quel momento abbastanza tetra. Intanto il Piemonte dispiegava il suo piano espansionistico, che culminò con l'invasione delle Due Sicilie.
Maria Sofia insistette con il marito Francesco II per attuare la resistenza ad oltranza. Dopo la sconfitta dell'esercito borbonico nella battaglia del Volturno, ed il trasferimento del 6 settembre della corte a Gaeta, entrò con ancor più decisione nella dimensione politica e militare. Fece un uso efficace dei simboli e della sua stessa immagine: distribuì ai soldati medaglie con coccarde colorate da lei stessa confezionate, adottò un costume calabrese di taglio maschile, affinché il popolo la sentisse più vicina. Costruì e diffuse anche attraverso il nuovo mezzo della fotografia l'immagine propria e della coppia reale.
Partecipò personalmente ai combattimenti contro i piemontesi incoraggiando i soldati e visitando i feriti negli ospedali fin quando, il 13 febbraio 1861, venne firmata la resa. Fu in questo periodo che Maria Sofia conquistò l'attenzione e la simpatia di cronisti e letterati di tutta Europa. Della bella e coraggiosa regina scrissero Daudet, Proust, D'Annunzio. Dopo la capitolazione di Gaeta si trasferì, con Francesco, a Roma, dove rimase fino al 1870, allontanandosene per brevi periodi, con o senza il marito, e progettando la riconquista del Regno.
Le cronache raccontano che, vestita dell'uniforme di ufficiale del Regno delle Due Sicilie Maria Sofia, passava in rivista i volontari che parteciparono alla guerra partigiana per la liberazione del Sud Italia. Da ogni parte d'Europa affluivano a Roma personaggi che il Governo papalino tollerava. Il primo capo di queste truppe fu il colonnello borbonico Francesco Luvara, che uscito da Gaeta prima della capitolazione, con il francese barone Klitsche De La Grange, continuerà a combattere duramente i piemontesi. Altre eroe reduce dalla fortezza di Gaeta fu Emilio De Christen, parente di Napoleone III, il quale diede filo da torcere al generale piemontese De Sonnaz. Catturato, lo salvò dalla fucilazione l'intervento dell'imperatore francese.
Non così fu per il generale spagnolo Josè Borges che, catturato a Tagliacozzo dalle truppe piemontesi, finì davanti al plotone d'esecuzione. La fucilazione di Borges fu deplorata in tutta Europa, Victor Hugo lo consacrò primo ed ultimo cavaliere crociato dell'esercito della libertà. Anche il belga marchese di Trozègies, combatté da eroe e infine catturato fu fucilato. Molti combatterono per la liberazione del sud e per Maria Sofia, il nobile tedesco Carlo Kalkreuth di Gotha, il tedesco Zimmermann, il bretone De Langlais e molti altri, tutti finiti sotto il fuoco del plotone di esecuzione piemontese.
La lotta della liberazione del sud Italia fu suffragata dal non riconoscimento del Regno d'Italia da parte delle potenze europee (tranne l'Inghilterra) e dalle defezioni di quei mazziniani e garibaldini che delusi dal comportamento del Piemonte vedevano nell'insurrezione meridionale, la possibilità di una vera rivoluzione sociale.
La guerra di liberazione del sud, durò almeno 5 anni. Proprio per la sua attività politica la regina, durante il soggiorno romano, era stata al centro di un vasto piano di calunnie approntato dallo stato piemontese per screditarla. Il culmine lo si raggiunse nel febbraio del 1862. Era stato architettato un oltraggioso piano diffamatorio. Fotomontaggi, nei quali la testa della regina era stata montata sul corpo di una giovane prostituta ritratta in pose lascive, erano stati diffusi a centinaia e spediti a tutte le personalità internazionali, dal papa all'imperatore d'Austria, da Napoleone III allo zar. Mai nessuna regina aveva subito una tale violenza morale! Fortunatamente le indagini della polizia pontificia portarono alla scoperta e all'arresto degli autori dei falsi fotografici: i coniugi Antonio e Costanza Diotallevi, dilettanti fotografi dal passato burrascoso, ma non certamente agli organizzatori della campagna diffamatoria.
Quando ormai la lotta di resistenza era stata soffocata nel sangue, nella notte di Natale del 1869, Maria Sofia ebbe una bambina, Maria Cristina. Sembrava che un po' di felicità dovesse allietare la ancor giovane coppia, ma il destino non sarà clemente con loro. La piccola morì dopo appena tre mesi, nel marzo del 1870.
Quando le truppe unitarie occuparono Roma, Maria Sofia e Francesco si trasferirono a Parigi. La coppia non disponeva di grandi mezzi, avendo il governo unitario confiscato i beni dei Borbone e quando Vittorio Emanuele aveva offerto a Francesco la possibilità di rientrarne in possesso, purché rinunciasse ad ogni pretesa sulle Due Sicilie, questi rispose "il mio onore non è in vendita". Riuscirono tuttavia a vivere dignitosamente, grazie al loro prestigio. Dagli anni '80 in poi, per Maria Sofia fu un susseguirsi di sciagure familiari, culminate con la morte di Francesco il 31 dicembre del 1894 ad Arco, presso Trento.
Ma nonostante le traversie sofferte, dalla sua residenza a Neully-sur-Seine Maria Sofia continuò a sperare nella restaurazione del Regno, si legò anche a esponenti dell'estrema sinistra. Accolse socialisti, esuli anarchici e il prete Bruno Tedeschi, condannato da un tribunale italiano.
Nel 1904 il governo italiano arrestò ed espulse un agente da lei inviato e chiese ai governi d'Austria e di Francia di ammonirla. Durante la prima guerra mondiale trascorse gli ultimi mesi di guerra nei campi di prigionia italiani, facendo assistenza ai "suoi" sudditi, che ignoravano chi fosse quella vecchia signora. Trascorse, solitaria, i suoi ultimi anni a Monaco, dove si spense nella notte del 18 gennaio del 1925.
Dal 18 maggio 1984 Francesco II, Maria Sofia e la loro figlia Maria Cristina riposano nella Chiesa di Santa Chiara in Napoli.
